«Лудогорец» был основан в 1945 году, в результате слияния пяти небольших клубов из города Разград. В сезоне 1961/62 клуб впервые в своей истории принял участие в чемпионате группы «Б», втором по силе дивизионе Болгарии. В последующие годы клуб выступал во втором и третьем дивизионах, ни разу не поднявшись в группу «А». В 1990-х годах клуб изменил название на «Антибиотик», а в 2006 году прекратил своё существование из-за финансовых проблем.
В то же время в 2001 году в Разграде был создан клуб «Разград 2000», который в 2010 году был переименован в «Лудогорец» и стал считаться преемником исчезнувшего в 2006 году клуба. 2010 год стал поворотным в истории клуба, он был приобретён болгарским бизнесменом Кирилом Домусчиевым, который поставил перед клубом амбициозную задачу, впервые в своей истории выйти в высший дивизион болгарского футбола.
Для выполнения этой задачи клубом были приобретены многие звёзды болгарского футбола, в результате за два сезона клуб прошёл дистанцию от группы «В» (третьего дивизиона), до группы «А», и в сезоне 2011/12 дебютировал в высшем дивизионе Болгарии, а в мае 2012 года выиграл кубок страны. Одолев в последнем матче сезона 2011/12 прямого конкурента софийский ЦСКА со счётом 1:0, «Лудогорец» впервые в истории выиграл чемпионат Болгарии. В сезоне 2012/13 команда вновь стала чемпионом Болгарии. В этом же сезоне на европейской арене «Лудогорец» пробился в раунд плей-офф Лиги чемпионов[1], однако там не сумел одолеть швейцарский «Базель». Вылет на этой стадии турнира позволил клубу попасть в групповой этап Лиги Европы[2].
