За время показа сериала Секретные материалы. было выпущено множество книг-новелизаций, написанных по мотивам сюжетов, а также всевозможных гидов по сериалу — официальных и нет.
Некоторые из романов выходили и в твёрдой и в мягкой обложках, а также выпущены в виде аудио-книг, прочитанных звёздами сериала — Джиллиан Андерсон, Джоном Невиллом, Стивеном Уилльямсом, Брюсом Ховардом и Митчем Пиледжи.
Кроме того, в 1999 году в России были изданы оригинальные романы зарубежных авторов, не являющиеся адаптациями сценария эпизодов:
Гоблины (Чарльз Грант)
Кровавый ветер (Чарльз Грант)
Руины (Кевин Андерсон)
Эпицентр (Кевин Андерсон)
Антитела (Кевин Андерсон)
Кожа (Бен Мецрих)
Российские авторы
Кроме того, было выпущено большое число романов, которые были написаны российскими авторами — часть из них является литературной адаптацией эпизодом сериала, часть — новые истории, и издавались только в России.
Канал связи (А.Лазарчук, Д.Соловьев, С.Стрелецкий, И. Федоров)
Тени (И. Андронати, И. Федоров, Р. Хард, Д. Соловьев)
The X-Files Declassified: The Unauthorized Guide (Френк Ловис) (Carol Publishing, 1996) ISBN 0-8065-1745-X
The Unauthorized X-Cyclopedia: The Definitive Reference Guide to The X-Files (Дежймс Хэтфилд и Джордж Бёрт) (Kensington, reissued 1997) Reissue ISBN 1-57566-233-7
X-Treme Possibilities: A Comprehensively Expanded Rummage Through Five Years of The X-Files (Пол Корнелл, Мартин Дэй и Кит Топпинг) (Virgin Publishing, reissued 1998) Reissue ISBN 0-7535-0228-3
The Truth Is Out There: The Official Guide to The X-Files, Vol. 1 (Брайан Лори и Крис Картер, при участии Сары Стигелль) (Perennial Currents, 1995) ISBN 0-06-105330-9
Trust No One: The Official Guide to The X-Files, Vol. 2 (Брайан Лори и Крис Картер, при участии Сары Стигелль) (HarperEntertainment, 1996) ISBN 0-06-105353-8
I Want to Believe: The Official Guide to The X-Files, Vol. 3 (Энди Мэйзлер и Крис Картер, при участии Сары Стигелль) (Harper Paperbacks, 1998) ISBN 0-06-105386-4
Resist or Serve: The Official Guide to The X-Files, Vol. 4 (Энди Мэйзлер) ISBN 0-06-107309-1
The End and the Beginning (The Official Guide to the X-Files, Vol. 5 (Энди Мэйзлер) (Perennial Currents, 2000) ISBN 0-06-107595-7
All Things (The Official Guide to The X-Files, Vol. 6 (Марк Шапиро) (Harper Paperbacks, 2001) ISBN 0-06-107611-2
X Marks the Spot: On Location With The X-Files (Луиза Градницер, Тодд Питтсон и Том Брэйдвуд) (Arsenal Pulp Press, 1999) ISBN 1-55152-066-4
The Real Science Behind the X-Files: Microbes, Meteorites, and Mutants (Энн Саймон) (Simon & Schuster / Touchstone, 2001) ISBN 0-684-85618-2
The Art of the X-Files (Энн Риверз Сиддонс и Уилльям Гибсон) (HarperPrism, 1998) ISBN 0-06-105037-7
The X Files Book of the Unexplained, Vol. One (Джейн Голдман) (Simon Schuster Trade) ISBN 0-684-81962-7
The X Files Book of the Unexplained, Vol. Two (Джейн Голдман) (Harper Prism, 1997) ISBN 0-06-105280-9
The Anderson Files, The Unauthorized Biography of Gillian Anderson (Марк Шапиро)
The Duchovny Files: The Truth Is in Here (Пол Митчелл) (ECW Press, 1996) ISBN 1-55022-284-8
Anderson + Duchovny, eXtra story (Дэвид Бассом)
The New Unofficial X-Files Companion, Volume Two (Н. И. Джиндж)(Macmilan, 1996) ISBN 0-333-67981-4
X-Files Confidential, The Unauthorized X-Philes Compendium (Тэд Эдвардс) (Little, Brown and Company, 1996) ISBN 0-316-88181-3
The Science of The X-Files (Майкл Уайт)
Wanting to Believe: A Critical Guide to The X-Files, Millennium & The Lone Gunmen (Роберт Ширман) (Mad Norwegian, 2009) ISBN 978-0-9759446-9-1