Впервые город Верия упоминает Фукидид в 432 до н. э.[1], хотя есть косвенные свидетельства того, что город был заселен уже около 1000 до н. э. Верия получила свое название от своего создателя, мифического Ферия или Верия, или от дочери царя Верия, царя Македонии. Первые жители известны как племя вригов, которые были изгнаны именно македонцами. Македонцы сделали Верию вторым городом по значению своего царства после столицы Пеллы.
В эпоху Римской империи, Верия стала местом поклонения для христиан. В городе существовало еврейское поселение на том месте, где апостол Павел проповедовал после того, как прибыл из Салоник. «Апостольская конституция» также описывает первого епископа Верии как Онисима. Большинство ученых считают, что им был Святой Онисим из Филемон.
В эпоху Византийской империи город продолжал расти и процветать, пока не был завоеван болгарами в 9 веке. Во время крестовых походов Верия была завоевана норманнами (1185), позже франками (1204) и в середине 13 века - сербами. В 1436 году город захватили османы, от власти которых Верия освободилась только в 1912 году.