Длительное время гусеобразных сближали с голенастыми (через фламинго), также в числе близких родственников фигурировали дневные хищные птицы. Однако, сейчас на основании результатов морфологических и и биохимических исследований установлено, что ближайшими современными родственниками гусеобразных являются курообразные. Они вместе выделяются надотряд Galloanserae, который является весьма обособленным от других птиц.
Формально курообразные и гусеобразные должны быть в составе группы новонебных птиц, поскольку они имеют подвижное небо, но последние изучения челюстного аппарата представителей этих групп показали, что они приобрели подвижное костное небо независимо от остальных птиц, и следовательно, не могут признаваться близкими родственниками остальных современных новонебных птиц. В частности, у них отсутствует характерный для всех настоящих новонебных птиц ложный сустав между частями крыловидных костей (птеригоидов), сохраняется архаичное сочленение последних с базиптеригоидными отростками черепа.
Представители гусеобразных и курообразных хорошо отличаются от других птиц строением скорлупы яиц. По этой причине в современных классификациях иногда оба отряда выделяют в таксон еще более высокого ранга (инфракласс, паракласс) Paraneomithes и помещаются сразу после палеогнат (страусов, тинаму), но перед настоящими новонебными.
Литература
Benson, D. (1999): Presbyornis isoni and other late Paleocene birds from North Dakota. Smithsonian Contributions to Paleobiology69: 253—266.
Chubb, A. (2004): New nuclear evidence for the oldest divergence among neognath birds: the phylogenetic utility of ZENK(i). Molecular Phylogenetics and Evolution30: 140—151
Feduccia, A. (1999): The Origin and Evolution of Birds, Second Edition. Yale University Press, New Haven.
Kriegs, Jan Ole; Matzke, Andreas; Churakov, Gennady; Kuritzin, Andrej; Mayr, Gerald; Brosius, Jürgen & Schmitz, Jürgen (2007): Waves of genomic hitchhikers shed light on the evolution of gamebirds (Aves: Galliformes). BMC Evolutionary Biology7: 190 (Fulltext).
Kulikova, Irina V.; Drovetski, S.V.; Gibson, D.D.; Harrigan, R.J.; Rohwer, S.; Sorenson, Michael D.; Winker, K.; Zhuravlev, Yury N. & McCracken, Kevin G. (2005): Phylogeography of the Mallard (Anas platyrhynchos): Hybridization, dispersal, and lineage sorting contribute to complex geographic structure. PDF fulltext. Erratum: Auk 122 (4): 1309. DOI: 10.1642/0004-8038(2005)122[0949:POTMAP]2.0.CO;2
Sibley, C.G.; Ahlquist, J.E. & Monroe, B.L. (1988): A classification of the living birds of the world based on DNA-DNA hybridization studies. Auk105: 409—423.