Клоака (от лат. cloaca — подземный канал для стока нечистот) — расширенная конечная часть задней кишки у некоторых позвоночных животных, куда впадают выделительные и половые протоки мочеполовой системы.

Стенка клоаки выстлана многослойным эпителием. Из рыб клоаку имеют только акулы, скаты и двоякодышащие. Также её имеют все земноводные, пресмыкающиеся и птицы, из млекопитающих — только однопроходные (Monotremata) (утконос и ехидна). У остальных млекопитающих клоака имеется только в начале зародышевого развития, затем она разделяется на мочеполовой синус и конечный отдел прямой кишки, открывающиеся самостоятельными отверстиями, мочеполовым и заднепроходным (анальным). Из выпячивания брюшной стенки клоаки у земноводных образуется мочевой пузырь, а у зародышей амниот — аллантоис.