Герб города утвержден Советом депутатов города Пущина на заседании 15 июня 1999 года решением № 172/43. Официальное описание герба согласно Положению о гербе: "В червленом (красном) поле с включенной лазоревой (синей, голубой) главой, обременённой тремя (1 и 2) серебряными звездами о четырех больших лучах перемежаемых меньшими, поверх всего зеленый трилистник с заострёнными концами листьев с серебряными прожилками на серебряном стебле тонко окаймленный серебром". Cеребряные звёзды символизируют радиоастрономическую обсерваторию Физического института им. П.Н.Лебедева, трилистник напоминает о том, что Пущино с 1956 года был научным городком АН СССР, центром биологических исследований. Цвет щита обозначает реку Оку, честь, красоту и добродетель. Авторы герба: Анатолий Обоишев (г. Пущино), Константин Моченов (г.Химки), Сергей Исаев (г. Москва). Герб внесён в Государственный геральдический регистр под №491 Использованы материалы сайта Администрации Пущино В 2010 году Геральдический совет при президенте РФ одобрил специальную разновидность корон для гербов "наукоградов" - на каждом зубце такой короны вырез в виде раскрытой книги. Так как Пущино имеет статус наукограда, то возможно использование герба именно с такой короной.