Енисейский острог был основан в 1619 году. Описание печати острога, сделанное в 1655 году: «Два соболя, меж ими стрела, а под ними лук тетивою вниз, а около вырезано: „Печать государева земли сибирские Енисейского острогу“».

Герб 1785 года

Тобольское наместничество было создано в 1782 году. В 1785 году утверждены гербы городов Тобольского наместничества.

Герб Енисейска утвержден 17 марта 1785 года вместе с гербами других городов Тобольского наместничества. По геральдическим правилам в верхней половине герба должно было находиться изображение герба губернского города, а в нижнем — эмблема подчинённого города.

Описание герба 1785 года:

В верхней половине щита герб Тобольский, внизу «в золотом поле связка разных звериных кож, на которых лежит Меркуриев жезл, в рассуждении того, что в сем городе бывает главная торговля мехами, на которую купечество съезжается со всех мест».

Енисейская ярмарка была крупнейшей пушной ярмаркой России.

В 1796 году наместничество было переименовано в Тобольскую губернию.

Герб 1804 года

В 1804 году из Тобольской губернии была выделена Томская губерния. При формировании Томской губернии город Енисейск вошел в состав Томской губернии.

20 марта 1804 года изменён герб: вместо Тобольского герба в верхней части щита помещен Томский.

Описание герба:

«В щите разделенном горизонтально надвое, в верхней половине герб Томский, а в нижней, в золотом поле, видна на земле связка звериных кож и на них диагонально положен Меркуриев жезл».

Герб Томска — «на зелёном поле серебряная лошадь в знак того, что лошади сей округи почитаются лучшими и что у близ живущих татар имеются конские заводы». Серебряная лошадь — символ изобилия и богатства.

После перехода города в Енисейскую губернию герб не менялся.

Советские проекты

В советское время было составлено несколько проектов герба. Официально ни один из них не утвержден.

Герб 1998 года

Современный герб Енисейска разработан «Союзом геральдистов России» и утвержден решением муниципалитета города Енисейска 10 июля 1998 года.

За основу герба взята печать Енисейского острога XVII века — «Два соболя, меж ими стрела, а под ними лук тетивою вниз…».

Официальное описание герба:

«В зелёном поле поверх лазоревой (голубой, синей) оконечности, два золотых соболя с червлёными (красными) глазами, обращённых друг к другу, стоящие на задних лапах на золотой тетиве опрокинутого золотого лука, держащие двумя передними лапами серебряную стрелу, острием упирающуюся в тетиву».